Browsing "Older Posts"

Browsing Category "Tin sinh và Thống kê"

Ứng dụng tin học trong nghiên cứu khoa học giáo dục và dạy học sinh học

By Anonymous →



Lời nói đầu
Phần I. Ứng dụng Microsoft Excel trong dạy – học và nghiên cứu khoa học giáo dục
Chương 1. Một số vấn đề cơ bản của Microsoft Excel
Chương 2. Ứng dụng microsoft excel trong dạy - học
Chương 3. Xử lý thống kê trong nghiên cứu khoa học giáo dục bằng phần mềm Excel
Phần II. Sử dụng phần mềm Powerpoint trong dạy - học
Chương 4. Microsoft Powerpoint và những ứng dụng trong dạy - học sinh học
Chương 5 . Ứng dụng Microsoft Powerpoint thiết kế bài học
Chương 6. Giới thiệu về Microsoft Frontpage và ưng dụng
Chương 7. Ứng dụng Microsoft Frontpage thiết kế bài học sinh học
Chương 8. Đại cương về Macromedia flash
Chương 9. Thiết kế mô hình động trong dạy - học sinh học bằng phần mềm flash
Chương 10. Máy tính (computer)   
Chương 11. Máy chiếu (projector)..
Chương 12. Máy chiếu đa vật thể (overhead)
Chương 13. Máy quét ảnh (scaner) ..
Phần 6 sử dụng internet trong dạy - học sinh học.
Chương 14. Hướng dẫn sử dụng internet
Tài liệu tham khảo
Blog sinh học: http://sinhhoc.blogspot.com/ (st)
Được đăng bởi Anonymous vào lúc 4:50 PM 0 nhận xét
Danh mục: ,

Giáo trình Tin Sinh học - TS Nguyễn Văn Cách

By Anonymous →
Blog sinh học: Ebooks này là những công trình nghiên cứu nhiều năm của các tác giả vì vậy để ủng hộ tác giả, bạn nên mua sách in hoặc mua 1 cách chính thức


                 Giáo trình được biên soạn nhằm cung cấp cho sinh viên và bạn đọc những kiến thức về lĩnh vực công nghệ sinh học như cách phân tích trình tự DNA, các cơ sở dữ liệu công nghệ sinh học lớn trên thế giới, hướng dẫn thiết kế bản đồ enzyme giới hạn và thiết kế mồi.... 


Link download Giáo trình Tin Sinh học - TS Nguyễn Văn Cách

Tên sách : Giáo trình Tin Sinh học
Tác giả: TS Nguyễn Văn Cách
Pass : sinhhoc.blogspot.com

Nguồn: (st), http://sinhhoc.blogspot.com, Blog sinh học
Được đăng bởi Anonymous vào lúc 10:02 PM 0 nhận xét
Danh mục: , , ,

Bài giảng Tin sinh học

By Anonymous →

            
           Công nghệ sinh học là một ngành khoa học mới đã tạo nên các thành tựu khoa học trong nhiều lĩnh vực như sinh học, nông nghiệp, y học, chế biến dược phẩm, và được ứng dụng đến các lĩnh vực tưởng chừng như không liên quan đến sinh học như kỹ thuật hình sự, tòa án và các lĩnh vực xã hội. 
            Tin sinh học là một môn học khá mới mẻ đối với Việt Nam. Các giáo trình về tin sinh học bằng tiếng Việt còn rất ít.  Chính vì vậy, giáo trình được biên soạn nhằm cung cấp cho sinh viên và bạn đọc những kiến thức về lĩnh vực công nghệ sinh học như cách phân tích trình tự DNA, các cơ sở dữ liệu công nghệ sinh học lớn trên thế giới, hướng dẫn thiết kế bản đồ enzyme giới hạn và thiết kế mồi. Giới thiệu các phần mềm và website dùng trong nghiên cứu đa dạng sinh học, khả năng ứng dụng của kỹ thuật trong quản lý môi trường và chẩn đoán y học. Ngoài ra, tác giả đã giới thiệu một số phần mềm miễn phí, thông dụng như: SeqVerter, DNAClub, Clusta X, DNA club, FastPCR, Primer3, PyMol, SeqVerter v.v…

Links download Bài giảng tin sinh học:
http://www.mediafire.com/?8dpesth4bxe7r
Được đăng bởi Anonymous vào lúc 8:22 PM 0 nhận xét
Danh mục: , ,

DNA Chromatogram Explorer Lite

By Anonymous →
DNA Chromatogram Explorer Lite là một trong những chương trình để thao tác và phân tích trình tự DNA. Bạn có thể xem sắc phổ trong khi xem trình duyệt trong folder. Phiên bản Lite hoàn toàn miễn phí.

Tính năng DNA Chromatogram Explorer Lite:


  • Làm nổi những vùng phổ chất lượng thấp
  • Cắt bỏ những điểm chất lượng thấp
  • Chuyển sang nhiều định dạng khác
  • ...
Links download:
Được đăng bởi Anonymous vào lúc 9:14 AM 0 nhận xét
Danh mục: ,

Phần mềm DNAClub

By Anonymous →

DNAclub: là phần mềm khá thông dụng trong sinh học phân tử có các công cụ như thiết kế mồi, lập bản đồ enzyme cắt giới hạn, dịch mã trình tự, tìm ORF, tạo trình tự reverse, complement …;



DNA Club - Phần mềm phân tích DNA với các tính năng: Loại bỏ trình tự vector, tìm kiếm khung đọc mở (ORF), chỉnh sửa trình tự DNA, giải mã thành trình tự protein, bản đồ enzyme, cắt giới hạn, chọn lựa primer, đánh giá primer... Phần mềm hoàn toàn miễn phí.



DOWNLOAD


http://molbiol-tools.ca/DNAClub.zip
Được đăng bởi Anonymous vào lúc 9:04 AM 0 nhận xét
Danh mục: ,

Kỹ thuật PCR căn bản

By Anonymous →

PCR là một kỹ thuật phổ biến trong sinh học phân tử nhằm nhân bản (tạo ra nhiều bản sao) một đoạn DNA trong ống nghiệm mô phỏng bộ máy sinh tổng hợp DNA của tế bào sống. Kỹ thuật này được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu sinh học và y học phục vụ nhiều mục đích khác nhau, như phát hiện các bệnh di truyền, nhận dạng vân tay DNA, chuẩn đoán những bệnh nhiễm trùng, tách dòng gene, và xác định huyết thống.

CÁC LƯU Ý


Thủ thuật thiết kế primer


Thành phần phản ứng


Enzyme

  1. Các đặc tính enzyme DNA polymerase và định nghĩa đơn vị (unit) của mỗi loại (hãng) sản xuất là khác nhau. Cần kiểm tra thông tin trên các tờ hướng dẫn đi kèm hóa chất.
  2. Lượng enzyme cần thiết là phụ thuộc vào lượng DNA template và kích thước phản ứng PCR. Tuy nhiên, thành phần này chỉ nên hiệu chỉnh khi 1) sản phẩm PCR lớn hơn 5kb; 2) có khả năng hoạt tính của enzyme bị giảm sút do thiếu sót ở khâu bảo quản; 3) đã tiến hành hiệu chỉnh bằng nhiều cách nhưng sản phẩm PCR vẫn thấp hoặc không có gì.
  3. Không nên tăng enzyme quá 2U (5µl) trên 50 µl tổng thể tích phản ứng
  4. Việc thay đổi loại DNA polymerase có thể làm thay đổi hiệu suất của phản ứng PCR.
  5. Khi tính toán chiến lược cloning bằng hệ thống TA vector, cần lưu ý DNA polymerase có đặc tính tạo đầu treo A ở đầu 3' hay không. Nếu không thì cần phản ứng bổ sung sử dụng Klenow và ATP.
  6. Tính chính xác của enzyme DNA polymerase phụ thuộc vào hoạt tính 3´→5´ exonuclease. Tùy thuộc mục đích thí nghiệm mà cần lựa chọn loại DNA polymerase có hay không có hoạt tính này.

Buffers

  1. Hiệu suất, tính chính xác của enzyme DNA polymerase phụ thuộc nhiều vào hệ buffer sử dụng. Thông thường nên sử dụng đúng loại buffer tương ứng với enzyme do nhà sản xuất khuyến cáo.
  2. Một số buffer chứa chất hoạt động bề mặt có thể ảnh hưởng đến các phản ứng microarray hoặc DHPLC.
  3. Nhiều loại buffer đã có sẵn một lượng nhất định ion Mg2+ nên cần lưu ý khi tối ưu hóa nồng độ Mg2+

Nồng độ Mg2+ và dNTP

  1. Việc tăng nồng độ ion Mg2+ có thể làm xuất hiện thêm các sản phẩm không đặc hiệu. Tuy nhiên nếu thiếu ion Mg2+ thì dẫn đến lượng sản phẩm PCR thấp.
  2. Nồng độ ion Mg2+ tối ưu phụ thuộc vào loại DNA polymerase, loại DNA template và thành phần buffer (một số buffer thương mại đã có sẵn 1 lượng nhất định ion Mg2+).
  3. Dò tìm nồng độ Mg2+ tối ưu thông thường bằng gradien nồng độ từ 0.5 đến 2 mM với các khoảng cách mỗi bước là 0.2 mM.
  4. dNTPs là loại hóa chất kém bền cần lưu ý khi sử dụng và bảo quản. Nên chia nhỏ lượng dNTPs để giảm số lần làm tan, sử dụng lại.
  5. Lượng dNTP tối ưu là 200 µM of mỗi loại dNTP. Việc tăng dNTP không làm tăng đáng kể lượng sản phẩm PCR so với việc hiệu chỉnh các yếu tố khác.

Template và Primers

  1. Nồng độ tối ưu DNA template là từ 1) đối với các mẫu DNA tương đối đồng nhất (plasmid, lambda hoặc BAC DNA): 1 pg - 10 ng / 50 µl tổng thể tích phản ứng; 2) đối với mẫu DNA genome thì từ 50 - 500 ng/50 µl tổng thể tích.
  2. Nồng độ primer thường tối ưu ở 10 mM mỗi loại.

Chất khác

  1. Đối với các DNA template lớn, giàu GC thì có thể sử dụng các chất biến tính như DMSO, formamide, glycerol, and betaine trong thành phần PCR. Tuy nhiên, phải kiểm tra độ tương thích đối với enzyme DNA polymerase.
  2. Tăng lượng DMSO trong PCR sẽ cần giảm nhiệt bắt mồi xuống.
  3. Một số buffer đã có chứa sẵn loading buffer để có thể điện di ngay sau PCR. Tuy nhiên, độ nhạy của PCR với những buffer này không cao.
  4. Đối với các máy luân nhiệt (thermocycler) không có gia nhiệt trên nắp thì nên bổ xung mineral oil để tránh bay hơi mẫu.

Chu trình nhiệt



Biến tính

  1. Việc tăng nhiệt độ hoặc kéo dài thời gian biến tính có thể làm tăng tính đặc hiệu của PCR nhưng làm giảm tuổi thọ của enzyme DNA polymerase.
  2. Đối với những enzyme DNA polymerase bền nhiệt thường nên sử dụng nhiệt độ biến tính 95°C-98°C. Bao gồm bước biến tính dài lúc khởi đầu và một bước biến tính ngắn trước từng chu kỳ nhiệt.
  3. Đối với các genome lớn như thực vật thường sử dụng bước biến tính dài đến 5 min. Để làm giảm ảnh hướng đối với enzyme thì có thể bổ sung enzyme DNA polymerase sau khi biến tính ban đầu.
  4. Khi đã tối ưu PCR thì cần giảm tối thiểu thời gian biến tính mỗi chu kỳ để tăng lượng sản phẩm. Thông thường từ 10s đến 30s.
  5. Tốc độ gia nhiệt và chế độ điều khiển nhiệt độ ở mỗi hệ thống luân nhiệt (PCR machine, thermocylcer) là khác nhau phụ thuộc hãng sản xuất. Một số hệ thống cho phép thay đổi thông số này khi tối ưu PCR.

Bắt mồi

  1. Đối với primer dài hơn 22 nucleotide, nhiệt độ bắt mồi thường hoạt động ở Tm thấp nhất + 3°C.
  2. Đối với primer nhỏ hơn 22 nucleotide, nhiệt độ bắt mồi thường thấp hơn Tm thấp nhất, có thể dùng grandient nhiệt độ (touchdown PCR) để tìm nhiệt độ bắt mồi tối ưu (khoảng cách nhiệt ở mỗi chu kỳ thường là 0.5°C).
  3. Đối với các cặp Tm cao hoặc tự bắt cặp, có loop thì có thể khắc phục bằng PCR 2 bước (95°C và 68°C).

Kéo dài

  1. Nhiệt độ kéo dài thường tiến hành ở 72°C tuy nhiên, hoạt tính 5'-3' DNA polymerase vẫn xảy ra ở nhiệt độ 68°C
  2. Thời gian kéo dài phụ thuộc hoạt độ enzyme DNA polymerase, chiều dài sản phẩm và loại template. 1) Đối với DNA đồng nhất (plasmid, lambda hoặc BAC DNA) thì tốc độ có thể đạt tới 15s/kb; 2) đối với DNA genome lớn, phức tạp thì tốc độ thường 30s-1min/kb.

GIẢI PHÁP TỐI ƯU HÓA


Không có sản phẩm hoặc lượng sản phẩm quá thấp

  1. Lặp lại thí nghiệm đề phòng lỗi thao tác.
  2. Sử dụng ống dNTP mới, có chất lượng đảm bảo.
  3. Tăng lượng DNA template, điện di kiểm tra lại nồng độ DNA template.
  4. Tinh sạch DNA template bằng chiết phenol, tủa cồn hoặc kit tinh sạch hoặc thôi gel. Nếu có thể cần tiến hành tách chiết mới DNA template bằng các phương pháp tách chiết khác nhau.
  5. Tăng thời gian kéo dài đối với các sản phẩm PCR trên 0,5 kb.
  6. Tăng số chu kỳ PCR lên 35, 40.
  7. Hạ thấp nhiệt độ bắt mồi xuống 1 đến 2°C. Hoặc sử dụng touchdown PCR.
  8. Dùng PCR đánh bắt với nhiệt độ bắt mồi khá thấp (~45°C) trong 10 chu kỳ đầu và nâng cao nhiệt độ đến Tm thấp nhất ở 20 chu kỳ tiếp theo.
  9. Tăng nhiệt độ biến tính (tối đa 98°C) và điều chỉnh thời gian biến tính DNA đối với các mẫu DNA của genome lớn hoặc khi khuyếch đại các đoạn lặp SSR.
  10. Kiểm tra các điều kiện của primer, thiết kế cặp primer mới để chạy nestPCR.
  11. Tăng nồng độ enzyme DNA polymerase
  12. Thay đổi loại enzyme DNA polymerase và hệ buffer

Vệt smear kích thước lớn hơn sản phẩm mong muốn


  1. Giảm nồng độ enzyme DNA polymerase
  2. Rút ngắn thời gian kéo dài
  3. Giảm số chu kỳ nhiệt PCR xuống tối đa 25.
  4. Tăng nhiệt độ bắt mồi lên 2°C hoặc thử với PCR 2 giai đoạn hoặc nestPCR
  5. Thay đổi nhiệt độ biến tính.
  6. Thử chạy gradien nồng độ Mg2+
  7. Hạ thấp nồng độ primer.
  • Đối với trường hợp vệt smear thấp hơn băng mong muốn thường được tối ưu bằng cách tăng thời gian kéo dài cuối cùng ở 72°C từ 8 đến 10 min.

Băng sản phẩm phụ rõ nét với kích thước thấp hơn sản phẩm mong muốn

  1. Tăng nhiệt độ bắt mồi 2°C và/hoặc tăng thời gian bắt mồi
  2. Tăng thời gian kéo dài thêm 30s.
  3. Giảm nồng độ DNA polymerase.
  4. Tối ưu hóa nồng độ Mg2+.
  5. Tinh sạch DNA template bằng thôi gel. Hoặc thủy phân DNA bằng một số RE trước khi dùng làm template (hiệu quả khi băng sản phẩm phụ kích thước khá lớn >= 1kb).
  6. Giảm nồng độ primer.
  7. Thiết kế cặp primer mới.

Được đăng bởi Anonymous vào lúc 4:59 PM 0 nhận xét
Danh mục: ,
Subscribe to: Posts ( Atom )